1、專利復(fù)審中的客體問(wèn)題。一方面，專利申請(qǐng)被駁回后僅能選擇復(fù)審這一種救濟(jì)措施，而不能直接向法院起訴或者請(qǐng)求行政復(fù)議。另一方面，專利申請(qǐng)駁回決定之外的其他具體行政行為不能選擇復(fù)審，只能選擇向法院起訴或者請(qǐng)求行政復(fù)議。
2、專利復(fù)審程序中的延期問(wèn)題。專利復(fù)審請(qǐng)求經(jīng)過(guò)合議審查后，專利復(fù)審委會(huì)發(fā)出兩類通知書，主要包括：一是較常見的復(fù)審?fù)ㄖ獣?，二是較少見的復(fù)審請(qǐng)求口頭審理通知書，并指定答復(fù)期限1個(gè)月。
3、專利復(fù)審程序中的權(quán)利恢復(fù)問(wèn)題。專利復(fù)審程序中涉及權(quán)利需要恢復(fù)的情形主要包括兩種：一是因正當(dāng)理由延誤了提起復(fù)審的期限，導(dǎo)致復(fù)審請(qǐng)求權(quán)的喪失;二是因正當(dāng)理由延誤了答復(fù)復(fù)審?fù)ㄖ獣闹付ㄆ谙?，?dǎo)致專利申請(qǐng)權(quán)的喪失。這兩種情形在具體辦理權(quán)利恢復(fù)時(shí)存在差別。

國(guó)務(wù)院專利行政部門對(duì)發(fā)明專利申請(qǐng)進(jìn)行實(shí)質(zhì)審查后，認(rèn)為不符合本法規(guī)定的，應(yīng)當(dāng)通知申請(qǐng)人，要求其在指定的期限內(nèi)陳述意見，或者對(duì)其申請(qǐng)進(jìn)行修改。答復(fù)審查意見通知書的意見陳述書，應(yīng)當(dāng)避免僅引用專利法及其實(shí)施細(xì)則的相關(guān)法律規(guī)定、而缺少針對(duì)性的答復(fù)意見。

申請(qǐng)人在答復(fù)審查意見通知書時(shí)，首先要核實(shí)其中引用的對(duì)比文件，在此過(guò)程中找出存疑點(diǎn)，在質(zhì)疑對(duì)比文件的事實(shí)認(rèn)定、公知常識(shí)認(rèn)定、對(duì)比文件的結(jié)合啟示時(shí)，要從技術(shù)領(lǐng)域、技術(shù)方案、技術(shù)問(wèn)題以及技術(shù)效果等角度結(jié)合實(shí)際案情在意見陳述書中進(jìn)行有理有據(jù)地陳述。