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一種對核酸酶活性進(jìn)行特異性調(diào)控的方法

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持有方:高校/科研院所
發(fā)布日期:2025-01-23
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目前,核酸酶是生物學(xué)、化學(xué)和醫(yī)學(xué)研究中被廣泛使用的工具。它們被廣泛應(yīng)用于生物傳感器、基因編輯技術(shù)和新藥物的研制上。不同的核酸酶具有不同的切割特性,對應(yīng)的底物也各不相同。在實際應(yīng)用的層面,目前對核酸酶的應(yīng)用都是基于其可以預(yù)測的工作機(jī)制。例如,我們通常希望Endo IV能夠穩(wěn)定且專一地切割具有空位的DNA雙鏈。然而,核酸酶容易受到體系中其他核酸鏈的干擾,其切割特性并不穩(wěn)定。尤其是對于以雙鏈DNA為靶目標(biāo)鏈的核酸酶,它們經(jīng)常非特異性地切割核酸單鏈。這一現(xiàn)象往往導(dǎo)致意料之外的串?dāng)_,對核酸酶在各個領(lǐng)域的應(yīng)用形成很大的限制。

 

 

 在酶-核酸探針領(lǐng)域,廣泛使用的lambda exonuclease,APE1和Endo IV均易發(fā)生預(yù)料之外的非特異酶切現(xiàn)象,嚴(yán)重限制了酶-探針檢測體系的實際應(yīng)用。因為在酶-探針檢測體系中,不與野生鏈結(jié)合的核酸探針以單鏈的形式大量存在。如果核酸酶切割單鏈核酸探針,熒光信號就會作為背景信號大量產(chǎn)生,導(dǎo)致突變鏈和野生鏈之間的區(qū)分度減少甚至消失。這對于一個檢測體系來說是不可接受的。針對這一問題,目前并沒有簡明有效的方法。

 

 

通過上述分析,現(xiàn)有技術(shù)存在的問題及缺陷為:(1)核酸酶切割單鏈的現(xiàn)象普遍存在且嚴(yán)重干擾酶-核酸探針體系的正常工作,降低檢測效能;(2)該現(xiàn)象難以預(yù)測,目前的方法只能是盲目的優(yōu)化探針序列以盡可能地避免核酸酶對單鏈探針的自切割,導(dǎo)致成本極高。

解決以上問題及缺陷的難度為:核酸酶在DNA雙鏈和DNA單鏈上的分配機(jī)理尚不明確。抑制核酸酶副活性的同時需要保持核酸酶主活性不受影響。

解決以上問題及缺陷的意義為:提供了一種全新的抑制核酸酶副活性的方法,擴(kuò)大了核酸酶的應(yīng)用范圍;保證酶-探針體系正常工作,使檢測效能保持穩(wěn)定;避免當(dāng)前方法中盲目優(yōu)化探針序列的環(huán)節(jié),降低了成本。

為了解決現(xiàn)有技術(shù)存在的問題,本發(fā)明提供了一種對核酸酶活性進(jìn)行特異性調(diào)控的方法??蓱?yīng)用于核酸信號放大、單核苷酸多態(tài)性(SNP)分型以及低豐度點突變檢測等技術(shù)領(lǐng)域。

 

 

本發(fā)明是這樣實現(xiàn)的,一種對核酸酶活性進(jìn)行特異性調(diào)控的方法,在抑制核酸酶副活性的同時不影響核酸酶主活性,保證酶-探針體系正常工作,使檢測效能保持穩(wěn)定,包括:

步驟一,對不同突變位點的基因序列,設(shè)計相應(yīng)的Guiding鏈;

步驟二,合成制備所需的Guiding鏈;

步驟三,將Guiding鏈與探針檢測體系混合,使Guiding鏈與底物鏈的比例為2:1;

步驟四,向上述混合體系加入Endo IV,使底物鏈轉(zhuǎn)化為長度更長的DNA雙鏈,并進(jìn)行實時熒光測定。

步驟一設(shè)計Guiding鏈的方法包括:

步驟1,確定底物鏈的探針雜交域,所述底物鏈為待檢測的目標(biāo)序列;

步驟2,設(shè)計兩條DNA單鏈,所述DNA單鏈為Guiding鏈,使兩條Guiding鏈其與底物鏈的探針雜交結(jié)構(gòu)域外的部分互補(bǔ),一起構(gòu)成核酸酶優(yōu)先結(jié)合的長雙鏈結(jié)構(gòu)。

 

本發(fā)明所具備的優(yōu)點如下:

本發(fā)明提供了一種全新的抑制核酸酶副活性的方法,擴(kuò)大了核酸酶的應(yīng)用范圍;在抑制核酸酶副活性的同時不影響核酸酶主活性,保證酶-探針體系正常工作,使檢測效能保持穩(wěn)定;避免當(dāng)前現(xiàn)有方法中因核酸酶副活性導(dǎo)致的盲目優(yōu)化探針序列的環(huán)節(jié),降低了成本。

本發(fā)明針對不同突變位點的基因序列,按上述原則設(shè)計相應(yīng)的Guiding鏈;合成制備所需的Guiding鏈;將Guiding鏈與探針檢測體系混合,使Guiding鏈與底物鏈的比例為2:1;向上述混合體系加入Endo IV,立即進(jìn)行實時熒光測定,由于底物鏈已被轉(zhuǎn)化為長度更長的DNA雙鏈,核酸酶副活性被抑制;涉及的調(diào)控內(nèi)切酶IV(Endo IV)/APE-1/lambda外切酶(lambda exo)活性,降低了由于核酸酶副活性而產(chǎn)生的背景信號,同時最大程度的保留核酸酶切割目標(biāo)序列的主活性,從而提高檢測效能。

 

 


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